Выдающийся советский и российский скульптор, народный художник РСФСР, заслуженный деятель искусств РСФСР и Северной Осетии. Работал в жанрах монументальной, монументально-декоративной, жанровой и портретной скульптуры. В 1955 году стал членом Союза художников СССР. Уже в 1957 году, после участия во Всероссийской выставке в Москве, его творчество получило высокую оценку критики: газета «Известия» отметила тонкую наблюдательность мастера и глубокое раскрытие жизни своего народа. Санакоев является автором многих значительных произведений: памятника братьям Газдановым в селении Дзуарикау, памятников и надгробного мемориала генералу И. А. Плиеву, памятника актёру Б. З. Ватаеву, бюста учёного В. И. Абаева, композиции «Екатерина Великая с осетинскими миссионерами». В составе творческой группы (Чермен Дзанагов, Сергей Санакоев, Маирбек Царикаев, архитектор Александр Арапов) участвовал в создании монумента Дружбы, сооружённого к 200-летию присоединения Осетии к России. Произведения мастера хранятся в Художественном музее Республики Северная Осетия — Алания и установлены во многих городах России. Скульптуры Санакоева стали частью исторической памяти страны, а сам он по праву занимает место среди лучших мастеров отечественной скульптуры XX века.